Thông tư 89/2026/TT-BTC: Hướng dẫn chi tiết mới về quản lý thuế

Điểm mới về Thông tư 89/2026/TT-BTC: Doanh nghiệp cần chú ý điều gì?

Ngày 30/6/2026, Bộ Tài Chính đã ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC hướng dẫn thi hành Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Luật Quản lý thuế nhằm cung cấp các quy định chi tiết quan trọng cho doanh nghiệp.

Cơ quan thuế có quyền truy cập vào dữ liệu phần mềm kế toán theo dấu hiệu trốn thuế

Theo khoản 1 Điều 23 Luật Quản lý thuế 2025 quy định:

Biện pháp trong kiểm tra thuế đối với dấu hiệu trốn thuế:

1. Thủ trưởng cơ quan thuế yêu cầu thông tin từ cơ quan, cá nhân liên quan. Thuế vụ được truy cập dữ liệu kế toán, hóa đơn điện tử khi phát hiện dấu hiệu trốn thuế;

2. Trách nhiệm của cơ quan, cá nhân cung cấp thông tin đúng và trung thực.

Theo đó, việc này nhằm đảm bảo tính minh bạch và thuận lợi trong việc thu thập dữ liệu phục vụ cho kiểm tra thuế.

Khi nào cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp?

Căn cứ khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, kiểm tra thuế được thực hiện trong các trường hợp sau:

Kiểm tra thuế trực tiếp tại trụ sở:

a) Kiểm tra với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước và sau hoàn thuế; hồ sơ rủi ro cao; theo yêu cầu từ cơ quan thẩm quyền; hoặc theo kế hoạch và chuyên đề.

b) Hải quan kiểm tra tại trụ sở liên quan đến chính sách thuế áp dụng và thông quan.

c) Được thực hiện không quá một lần trong năm trừ trường hợp đặc biệt theo quy định.

Các Trường Hợp Kiểm Tra Thuế Tại Trụ Sở Người Nộp Thuế

Theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, cơ quan thuế sẽ tiến hành kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế trong các trường hợp sau:

• Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế.
• Hồ sơ kiểm tra sau khi hoàn thuế đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, tuân theo nguyên tắc quản lý rủi ro trong quản lý thuế và trong thời hạn 05 năm kể từ ngày quyết định hoàn thuế được ban hành.
• Có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế hoặc theo kế hoạch, chuyên đề lựa chọn.
• Theo yêu cầu hoặc đề nghị của cơ quan, người có thẩm quyền.
• Người nộp thuế có mức rủi ro cao thuộc các trường hợp như: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh.
• Trường hợp được quy định tại điểm b khoản 2 Điều 22 theo Luật Quản lý thuế 2025.
• Trường hợp kiểm tra đáp ứng yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo về thuế hoặc hồ sơ miễn, giảm, không thu thuế của người nộp thuế có rủi ro cao.