Thời hạn hoàn thuế GTGT xuất khẩu diện kiểm tra: Những điều doanh nghiệp cần biết

Điều cần biết về thời hạn hoàn thuế GTGT xuất khẩu khi kiểm tra trước

Hoàn thuế GTGT xuất khẩu diện kiểm tra trước cần chú ý điều gì về thời gian? Theo quy định tại điểm b khoản 3 Điều 31 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, thời hạn để cơ quan thuế tiếp nhận và xử lý hồ sơ như sau:

Thời gian hoàn thuế khi kiểm tra trước

Căn cứ theo điểm b khoản 3 Điều 31 Nghị định 252/2026/NĐ-CP, quy định về thời hạn xử lý hồ sơ hoàn thuế của cơ quan thuế như sau:

Thời hạn xử lý và phản hồi hồ sơ hoàn thuế

...

2. Thời hạn xử lý hồ sơ của cơ quan thuế là:

a) Đối với trường hợp hoàn thuế trước: Tối đa 06 ngày làm việc kể từ khi nhận hồ sơ hoàn thuế, cơ quan thuế sẽ ra quyết định hoàn thuế hoặc thông báo số tiền không được hoàn thuế. Thời gian trên không bao gồm thời gian giải trình bổ sung của người nộp thuế.

b) Kiểm tra trước hoàn thuế: Chậm nhất 10 ngày làm việc kể từ khi cơ quan thuế nhận kết luận kiểm tra hoặc quyết định xử lý vi phạm, cơ quan thuế sẽ ra quyết định hoàn thuế hoặc thông báo về việc không hoàn thuế. Thời gian không bao gồm thời gian giải trình bổ sung của người nộp thuế.

...

Theo các quy định này, đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT xuất khẩu thuộc diện kiểm tra trước, thời hạn xử lý tối đa là 10 ngày làm việc từ khi có kết luận kiểm tra hoặc xử lý vi phạm.

Thời gian trên không tính thời gian cần để người nộp thuế giải trình và bổ sung theo yêu cầu của cơ quan thuế.

Phân loại rủi ro khi xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT

Ngày 01/07/2026, Bộ Tài chính ban hành Thông tư 94/2026/TT-BTC về quản lý rủi ro trong thuế.

Theo Điều 16 Thông tư 94/2026/TT-BTC, quy định về quản lý rủi ro trong hoàn thuế như sau:

Áp dụng quản lý rủi ro đối với hoàn thuế

...

Cơ quan thuế phân loại người nộp thuế theo mức độ rủi ro tại Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15. Dựa trên phân loại rủi ro và thông tin, cơ quan sẽ có biện pháp xử lý phù hợp cho hồ sơ hoàn thuế.

1. Đối với hoàn thuế GTGT:

a) Rủi ro cao:

a.1) Kiểm tra trước, hoàn thuế sau (ngoại trừ trường hợp tại điểm a.2).

a.2) Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn được phân loại rủi ro cao bởi cùng một (01) hoặc các dấu hiệu rủi ro tại nhóm tiêu chí không chấm điểm so với hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau trong trường hợp kết quả kỳ kiểm tra hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó không phát hiện hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn và không thuộc diện rủi ro cao thuộc nhóm tiêu chí chấm điểm khác.

b) Rủi ro trung bình và rủi ro thấp:

b.1) Thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau: Đối với số thuế đề nghị hoàn chưa phát hiện được rủi ro.

Trên cơ sở các quy định pháp luật thuế, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế và thông tin do cơ quan thuế quản lý tại cơ sở dữ liệu, Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế xác định và đưa ra số thuế chưa phát hiện được rủi ro theo quy định.

Như vậy, từ ngày 01/7/2026, hồ sơ hoàn thuế GTGT được cơ quan thuế xử lý theo mức độ rủi ro. Cụ thể:

- Hồ sơ thuộc diện rủi ro cao: Thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau, trừ trường hợp đáp ứng điều kiện quy định tại điểm a.2 khoản 1 Điều 16 thông tư 94/2026/TT-BTC thì được hoàn thuế trước, kiểm tra sau;

- Hồ sơ thuộc diện rủi ro trung bình và rủi ro thấp: được hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với số thuế đề nghị hoàn chưa phát hiện được rủi ro.

Các hành vi nào bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế GTGT theo quy định hiện hành?

Theo Điều 13 luật Thuế giá trị gia tăng 2024 quy định về các hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ, hoàn thuế GTGT hiện nay bao gồm:

- Mua, cho, bán, tổ chức quảng cáo, môi giới mua, bán hóa đơn.

- Tạo lập giao dịch mua, bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ không có thật hoặc giao dịch không đúng quy định của pháp luật.

- Lập hóa đơn bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ trong thời gian tạm ngừng hoạt động kinh doanh, trừ trường hợp lập hóa đơn giao cho khách hàng để thực hiện các hợp đồng đã ký trước ngày thông báo tạm ngừng kinh doanh.

- Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ theo quy định của Chính phủ.

- Không chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử về cơ quan thuế theo quy định.

- Làm sai lệch, sử dụng sai mục đích, truy cập trái phép, phá hủy hệ thống thông tin về hóa đơn, chứng từ.

- Đưa, nhận, môi giới hối lộ hoặc thực hiện các hành vi khác liên quan đến hóa đơn, chứng từ để được khấu trừ thuế, hoàn thuế, chiếm đoạt tiền thuế, trốn thuế giá trị gia tăng.

- Thông đồng, bao che; móc nối giữa công chức quản lý thuế, cơ quan quản lý thuế và cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu, giữa các cơ sở kinh doanh, người nhập khẩu trong việc sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp, sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ để được khấu trừ thuế, hoàn thuế, chiếm đoạt tiền thuế, trốn thuế giá trị gia tăng.