Thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế được thực hiện như thế nào?

Thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế được thực hiện như thế nào?

Căn cứ vào khoản 5 Điều 72 Thông tư 80/2021/TT-BTC có quy định về trình tự, thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế như sau:

(1) Ban hành Quyết định kiểm tra thuế

Cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra thuế đối với trường hợp quy định tại Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019. Việc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế chỉ được thực hiện khi có quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

Cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra thuế đối với các nội dung và thời kỳ có rủi ro, trừ kiểm tra hoàn thuế. Quyết định kiểm tra thuế lập theo mẫu số 04/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Thời hạn kiểm tra được xác định theo quy định tại khoản 4 Điều 110 Luật Quản lý thuế 2019. Trong trường hợp gia hạn, Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người có thẩm quyền ban hành Quyết định gia hạn theo mẫu số 05/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

(2) Thời gian tiến hành

Việc kiểm tra theo Quyết định kiểm tra thuế phải được tiến hành chậm nhất là 10 ngày làm việc, kể từ ngày ban hành Quyết định kiểm tra trừ trường hợp phải bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế theo mẫu số 06/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC hoặc hoãn thời gian kiểm tra.

Khi bắt đầu kiểm tra thuế, Trưởng đoàn kiểm tra thuế có trách nhiệm công bố Quyết định kiểm tra thuế, lập Biên bản công bố và giải thích nội dung Quyết định kiểm tra để người nộp thuế hiểu và có trách nhiệm chấp hành Quyết định kiểm tra. Biên bản công bố Quyết định kiểm tra được lập theo mẫu 07/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

(3) Trường hợp người nộp thuế có văn bản đề nghị hoãn thời gian tiến hành kiểm tra, thì văn bản phải nêu rõ lý do và thời gian hoãn hoặc trường hợp cơ quan thuế có lý do bất khả kháng phải hoãn thời gian tiến hành kiểm tra thì cơ quan thuế có văn bản thông báo cho người nộp thuế trước khi hết thời hạn công bố quyết định kiểm tra theo mẫu số 08/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Trong quá trình kiểm tra, nếu phát sinh lý do bất khả kháng, không thể tiếp tục thực hiện kiểm tra thì Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành Quyết định kiểm tra để tạm dừng kiểm tra. Thời gian tạm dừng không tính trong thời hạn kiểm tra.

(4) Trường hợp trong quá trình kiểm tra thuế phát sinh việc phải điều chỉnh về Quyết định kiểm tra (thay Trưởng đoàn, thành viên hoặc bổ sung thành viên đoàn kiểm tra, bổ sung nội dung, thời kỳ kiểm tra hoặc điều chỉnh giảm thành viên đoàn kiểm tra, nội dung, thời kỳ kiểm tra) thì Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo người có thẩm quyền để ban hành Quyết định điều chỉnh Quyết định kiểm tra. Quyết định điều chỉnh quyết định kiểm tra được thực hiện theo mẫu số 09/KTT, 10/KTT, 11/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

(5) Biên bản kiểm tra thuế

– Kết thúc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, Đoàn kiểm tra lập dự thảo Biên bản kiểm tra theo mẫu số 12/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC và công bố công khai trước Đoàn kiểm tra và người nộp thuế để có ý kiến, giải trình. Ý kiến, giải trình của người nộp thuế phải được lưu cùng dự thảo biên bản (nếu có). Biên bản công khai dự thảo Biên bản kiểm tra lập theo mẫu số 13/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Việc có ý kiến giải trình, hoàn thiện và ký Biên bản kiểm tra giữa Đoàn kiểm tra với người nộp thuế phải được thực hiện trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc kiểm tra. Nếu người nộp thuế vẫn có ý kiến thì được ghi tại Biên bản hoặc lưu cùng Biên bản đã ký. Biên bản kiểm tra phải được Trưởng đoàn kiểm tra và người nộp thuế (hoặc đại diện hợp pháp của người nộp thuế) ký vào từng trang, đóng dấu của người nộp thuế nếu người nộp thuế là tổ chức có con dấu riêng (bao gồm cả dấu riêng, giáp lai giữa các trang của biên bản).

– Trường hợp còn vướng mắc về cơ chế chính sách phải xin ý kiến thì ghi nhận tại biên bản. Khi có văn bản trả lời thì Đoàn kiểm tra hoặc bộ phận kiểm tra chịu trách nhiệm lập phụ lục biên bản với người nộp thuế theo mẫu số 14/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

– Trường hợp người nộp thuế không ký Biên bản kiểm tra khi hết thời hạn theo quy định thì Trưởng đoàn kiểm tra phải lập biên bản vi phạm hành chính về việc không ký biên bản, báo cáo người có thẩm quyền ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính theo quy định, đồng thời yêu cầu người nộp thuế ký biên bản kiểm tra.

(6) Xử lý kết quả kiểm tra thuế

– Chậm nhất 03 ngày làm việc kể từ ngày ký Biên bản kiểm tra với người nộp thuế, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo kết quả kiểm tra với lãnh đạo bộ phận kiểm tra và người ban hành quyết định kiểm tra.

Trường hợp kết quả kiểm tra dẫn đến xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính thì Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý vi phạm về thuế hoặc phải chuyển hồ sơ đến người có thẩm quyền xử phạt. Trường hợp kết quả kiểm tra không xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính thì người ban hành Quyết định kiểm tra ban hành Kết luận kiểm tra theo mẫu số 15/KTT ban hành kèm theo phụ lục I Thông tư 80/2021/TT-BTC.

– Trường hợp qua kiểm tra thuế mà phát hiện hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận về thuế thì trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày kết thúc kiểm tra, đoàn kiểm tra có trách nhiệm báo cáo Thủ trưởng cơ quan thuế để xem xét tiến hành thanh tra hoặc chuyển hồ sơ kiểm tra sang cơ quan điều tra theo quy định của pháp luật.

(7) Việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được ghi nhật ký điện tử.

Từ 01/07/2026, các biện pháp áp dụng trong kiểm tra thuế đối với trường hợp có dấu hiệu trốn thuế được quy định như thế nào?

Theo Điều 23 Luật Quản lý thuế 2025 quy định biện pháp áp dụng trong kiểm tra thuế đối với trường hợp có dấu hiệu trốn thuế như sau:

(1) Thu thập thông tin liên quan đến trường hợp có dấu hiệu trốn thuế:

– Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế có quyền yêu cầu cơ quan, tổ chức, cá nhân liên quan đến trường hợp có dấu hiệu trốn thuế cung cấp thông tin bằng văn bản hoặc trả lời trực tiếp. Cơ quan thuế có quyền truy cập vào dữ liệu phần mềm kế toán, hoá đơn điện tử, máy tính tiền của người nộp thuế có dấu hiệu trốn thuế;

– Cơ quan, tổ chức, cá nhân được yêu cầu cung cấp thông tin quy định tại điểm a khoản này có trách nhiệm cung cấp thông tin đúng nội dung, thời hạn, địa chỉ được yêu cầu và chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực của thông tin đã cung cấp.

(2) Tạm giữ tài liệu liên quan đến trường hợp có dấu hiệu trốn thuế:

– Thủ trưởng cơ quan quản lý thuế, trưởng đoàn kiểm tra thuế quyết định tạm giữ tài liệu liên quan đến trường hợp có dấu hiệu trốn thuế;

– Việc tạm giữ tài liệu liên quan đến trường hợp có dấu hiệu trốn thuế được áp dụng khi cần căn cứ xác định hành vi trốn thuế;

– Khi tạm giữ tài liệu liên quan đến trường hợp có dấu hiệu trốn thuế, trưởng đoàn kiểm tra thuế phải lập biên bản tạm giữ và có trách nhiệm bảo quản tài liệu tạm giữ;

– Cơ quan quản lý thuế phải giao 01 bản quyết định tạm giữ, biên bản tạm giữ liên quan đến trường hợp có dấu hiệu trốn thuế cho tổ chức, cá nhân có tài liệu bị tạm giữ.

Nguyên tắc kiểm tra thuế theo Luật Quản lý thuế 2025 được quy định như thế nào từ ngày 01/07/2026?

Theo khoản 1 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025 Tải về quy định về kiểm tra thuế như sau:

Kiểm tra thuế

1. Nguyên tắc kiểm tra thuế:

a) Áp dụng quản lý rủi ro và ứng dụng công nghệ thông tin trong kiểm tra thuế; ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử;

b) Tuân thủ quy định của pháp luật và không cản trở hoạt động bình thường của người nộp thuế;

c) Việc kiểm tra thuế nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác, trung thực của việc kê khai, nộp thuế và việc tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế;

d) Việc kiểm tra thuế của cơ quan thuế không trùng lặp về nội dung, phạm vi, thời gian giữa cơ quan thanh tra, kiểm tra, Kiểm toán nhà nước, trừ trường hợp có bằng chứng, căn cứ vi phạm cần kiểm tra lại;

đ) Kiểm tra việc xác định giá giao dịch liên kết của người nộp thuế theo nguyên tắc giao dịch độc lập và bản chất kinh tế của hoạt động, giao dịch phát sinh quyết định nghĩa vụ thuế tương ứng với giá trị tạo ra từ bản chất kinh tế của hoạt động kinh doanh, giao dịch phát sinh của người nộp thuế; không công nhận các giao dịch liên kết không theo nguyên tắc giao dịch độc lập làm giảm nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.

…

Như vậy, theo Luật Quản lý thuế 2025, nguyên tắc kiểm tra thuế được quy định như sau:

– Áp dụng quản lý rủi ro và ứng dụng công nghệ thông tin trong kiểm tra thuế; ưu tiên kiểm tra trực tuyến, từ xa trên dữ liệu điện tử;

– Tuân thủ quy định của pháp luật và không cản trở hoạt động bình thường của người nộp thuế;

– Việc kiểm tra thuế nhằm đánh giá tính đầy đủ, chính xác, trung thực của việc kê khai, nộp thuế và việc tuân thủ pháp luật về thuế của người nộp thuế;

– Việc kiểm tra thuế của cơ quan thuế không trùng lặp về nội dung, phạm vi, thời gian giữa cơ quan thanh tra, kiểm tra, Kiểm toán nhà nước, trừ trường hợp có bằng chứng, căn cứ vi phạm cần kiểm tra lại;

– Kiểm tra việc xác định giá giao dịch liên kết của người nộp thuế theo nguyên tắc giao dịch độc lập và bản chất kinh tế của hoạt động, giao dịch phát sinh quyết định nghĩa vụ thuế tương ứng với giá trị tạo ra từ bản chất kinh tế của hoạt động kinh doanh, giao dịch phát sinh của người nộp thuế; không công nhận các giao dịch liên kết không theo nguyên tắc giao dịch độc lập làm giảm nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.

Lưu ý:

Luật Quản lý thuế 2025 có hiệu lực từ 01/7/2026. Tuy nhiên Điều 13, Điều 26 Luật Quản lý thuế 2025 có hiệu lực từ 01/01/2026.