Công văn 2488/CTH-QLDN2 hướng dẫn quyết toán thuế TNCN thông qua CQCT đối với trường hợp sáp nhập, hợp nhất như thế nào?

Công văn 2488/CTH-QLDN2 hướng dẫn quyết toán thuế TNCN thông qua CQCT đối với trường hợp sáp nhập, hợp nhất như thế nào?

Ngày 09/4/2026, Thuế Thành Phố Cần Thơ ban hành Công văn 2488/CTH-QLDN2 năm 2026 Tải về hướng dẫn quyết toán thuế TNCN thông qua CQCT đối với trường hợp sáp nhập, hợp nhất như sau:

Căn cứ điểm c khoản 2 Điều 39; khoản 4 Điều 44; khoản 2, khoản 4 Điều 68 Luật Quản lý thuế 2019.

Căn cứ điểm d khoản 6 Điều 8 Nghị định 126/2020/NĐ-CP

Căn cứ hướng dẫn tại Điều 15 Thông tư 86/2024/TT-BTC

Căn cứ quy định về hồ sơ, mẫu biểu quyết toán thuế TNCN hiện hành, tổ chức chi trả sử dụng Tờ khai mẫu số 05/QTT-TNCN Tải về và các phụ lục kèm theo; trường hợp cá nhân ủy quyền cho tổ chức chi trả quyết toán thay thì cá nhân lập Giấy ủy quyền theo mẫu số 08/UQ-QTT-TNCN Tải về ban hành kèm theo Thông tư 80/2021/TT-BTC;

Căn cứ hướng dẫn tại Công văn 1672/CTH-CNTK ngày 12/3/2026 của Thuế thành phố Cần Thơ về việc lưu ý quyết toán TNCN năm 2025;

Trường hợp đơn vị sự nghiệp công lập thực hiện sáp nhập, hợp nhất và có phát sinh việc điều chuyển viên chức, người lao động từ đơn vị cũ sang đơn vị mới thì việc quyết toán thuế TNCN thông qua cơ quan chi trả được thực hiện như sau:

1. Đối với tổ chức bị sáp nhập/hợp nhất

Tổ chức bị sáp nhập hợp nhất có trách nhiệm hoàn thành việc kê khai, nộp hồ sơ khai thuế, hồ sơ quyết toán thuế đến thời điểm sáp nhập theo thời hạn quy định; đồng thời rà soát số thu nhập đã chi trả, số thuế TNCN đã khấu trừ của từng người lao động trong thời gian đơn vị còn hoạt động để làm căn cứ bàn giao số liệu cho tổ chức nhận sáp nhập/tổ chức mới sau hợp nhất và phục vụ việc quyết toán thuế theo đúng quy định.

Trường hợp đã cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN cho người lao động thì thực hiện bàn giao, phối hợp thu hồi chứng từ khấu trừ đã cấp cho các cá nhân thuộc diện ủy quyền quyết toán tại tổ chức mới theo quy định.

2. Đối với tổ chức nhận sáp nhập/tổ chức mới sau hợp nhất

Trường hợp người lao động được điều chuyển từ tổ chức bị sáp nhập hợp nhất sang tổ chức nhận sáp nhập/tổ chức mới sau hợp nhất và tại thời điểm tổ chức mới thực hiện quyết toán thuế người lao động vẫn đang làm việc tại đơn vị, nếu cá nhân đủ điều kiện ủy quyền thì tổ chức nhận sáp nhập/tổ chức mới sau hợp nhất thực hiện quyết toán thay cho cả nhân đối với toàn bộ phần thu nhập do cả tổ chức cũ và tổ chức mới chỉ trả trong năm.

Khi lập hồ sơ quyết toán thuế TNCN, tổ chức nhận sáp nhập thực hiện như sau:

– Chỉ tiêu [04] trên Tờ khai mẫu số 05/QTT-TNCN Tải về: đánh dấu vào trường hợp quyết toán theo ủy quyền của cá nhân được điều chuyển từ tổ chức cũ sang tổ chức mới do sáp nhập hợp nhất

– Chỉ tiêu [12] Tổng thu nhập chịu thuế: kê khai bao gồm thu nhập tại cả tổ chức cũ và tổ chức mới.

– Chỉ tiêu [13] Thu nhập chịu thuế tại tổ chức trước khi điều chuyển: kê khai phần thu nhập do tổ chức cũ chỉ trả.

– Chỉ tiêu [22] Tổng số thuế TNCN đã khấu trừ: kê khai bao gồm số thuế đã khẩu trừ tại cả tổ chức cũ và tổ chức mới.

– Chỉ tiêu [23] Số thuế đã khấu trừ tại tổ chức trước khi điều chuyển: kê khai phần thuế đã khấu trừ tại tổ chức cũ.

3. Trường hợp người lao động không đủ điều kiện ủy quyền

Người lao động không thuộc diện được ủy quyền quyết toán thuế TNCN cho tổ chức nhận sáp nhập/tổ chức mới sau hợp nhất khi không đáp ứng điều kiện tại điểm d khoản 6 Điều 8 Nghị định 126/2020/NĐ-CP thì thực hiện trực tiếp quyết toán với cơ quan thuế theo quy định.

4. Về hồ sơ, chứng từ lưu tại đơn vị

Để bảo đảm cơ sở pháp lý khi quyết toán thay cho người lao động, đề nghị tổ chức nhận sáp nhập/tổ chức mới sau hợp nhất lưu giữ đầy đủ: quyết định hồ sơ sáp nhập hợp nhất; danh sách lao động điều chuyển; bảng tổng hợp thu nhập và số thuế đã khấu trừ do tổ chức cũ bàn giao; Giấy ủy quyền quyết toán thuế mẫu số 08/UQ-QTT-TNCN Tải về của từng cá nhân; tài liệu về chứng từ khấu trừ thuế đã thu hồi hoặc chưa cấp theo thực tế phát sinh.

Lưu ý khác: Trường hợp NNT đã thực hiện quyết toán thuế TNCN nhưng chưa bảo đảm các quy định nêu trên thực hiện rà soát thông tin nghĩa vụ đã kê khai và khai bổ sung lại hồ sơ quyết toán TNCN (nếu có).

Đối với cá nhân có thu nhập cao, biến động lớn trong năm, CQT có trách nhiệm gì khi quyết toán thuế?

Theo Mục 4 Phần B Công văn 1296/CT-NVT năm 2026 quy định đối với cá nhân có thu nhập cao, biến động lớn trong năm, khi quyết toán thuế CQT có trách nhiệm như sau:

– Cơ quan thuế chủ động lập danh sách quản lý riêng đối với cá nhân có tổng thu nhập năm ở mức cao hoặc có mức tăng đột biến so với năm trước, đặc biệt đối với các khoản tiền thưởng, thù lao, chi trả theo hợp đồng có giá trị lớn. Trên cơ sở dữ liệu kê khai thuế, dữ liệu khấu trừ tại nguồn, dữ liệu bảo hiểm xã hội và các nguồn thông tin quản lý liên quan, tổ chức đối chiếu, phân tích chuyên sâu nhằm kịp thời phát hiện trường hợp kê khai chưa đầy đủ, chưa tổng hợp đủ thu nhập hoặc có dấu hiệu rủi ro về thuế.

– Trường hợp phát hiện chênh lệch bất thường, yêu cầu tổ chức, cá nhân thực hiện giải trình và xử lý theo đúng quy định; bảo đảm thu nhập thực tế phát sinh được kê khai, nộp thuế đầy đủ, tương xứng.

– Đối với cá nhân có thu nhập từ hai nơi trở lên, thực hiện khai thác đầy đủ các chức năng trên Hệ thống quản lý thuế tập trung (TMS), đặc biệt các chức năng 3.2.4.2; 3.2.4.3; 3.9.4.2 và các chức năng liên quan, nhằm phát hiện tình trạng trùng giảm trừ gia cảnh, đăng ký người phụ thuộc không đúng quy định hoặc chưa tổng hợp đầy đủ thu nhập khi áp dụng biểu thuế lũy tiến từng phần.

Tự quyết toán thuế TNCN nộp hồ sơ online tại đâu?

Cũng theo hướng dẫn tại tiết 2.3 tiểu mục 2 Mục II Công văn 1296/CT-NVT năm 2026 các cổng tiếp nhận hồ sơ quyết toán thuế TNCN online mà cá nhân có thể lựa chọn thực hiện bao gồm:

+ Hệ thống Thông tin giải quyết thủ tục hành chính Cục Thuế – Bộ Tài chính: https://dichvucong.gdt.gov.vn/tthc/homelogin.

+ Ứng dụng eTax Mobile.

+ Cổng Dịch vụ công Quốc gia.